澳大利亚牧羊犬的毛色有4种，分别是兰色芸石色、黑色、红色芸石色或全红色，有或没有白色斑纹（白色斑纹或许有褐色过渡），这些颜色没有有劣之分或次序。在挑选时需要注意，白色围脖不能延伸超过马肩隆。白色出现在颈部（部分或全部）、胸部、腿、口吻下方、是可以接受的，头部有白筋及白色从肘部向上延伸不超过4英寸也是可以接受的。白色在头部不能占据主导地位，且眼睛周围必须有颜色围绕，眼圈必须色素充足。芸石色特征会随着年龄增加而越来越多。