在日本绳文时代初期，爱努族人开始从东北地方过渡到北海道地界，而当时随着爱努族人的“又鬼”组织，来到北海道的“又鬼犬”，就是北海道犬的其中一个源流。进入弥生时代后，一些由渡来人带入日本的犬只，与当时日本的本土犬只间，开始出现了混血的情况。由于北海道一带在地理上比较偏远，因此当地的犬只受影响的幅度亦自然最小，能够较成功地保持日本古代狗种的血统。近代以来在1869年，英国动物学者汤马斯·布拉基斯顿首次将北海道犬命名为“爱努犬”。在1902年发生的日本八甲田山军队遭遇雪难事件中，救援队伍曾动用北海道犬帮助搜索灾场中的遇难者。直至1937年，战前时代的日本文部省正式将北海道犬列为“天然纪念物”之一，北海道犬在这时候才正式被命名为“北海道犬‘’。