引起边境牧羊犬皮肤疾病的原因有很多种，如跳蚤、虱子、螨虫、真菌、湿疹、过敏性皮肤病等等。治疗可以涂上克雷唑、癣净、达克宁软膏。对化脓、发炎的皮肤用双氧水消毒，在患处涂消炎膏，如红霉素软膏，硫软膏，但皮炎平含有激素，应该少用。皮肤病是困扰宠物狗的常见疾病，皮肤病会让狗狗掉毛，瘙痒。不过治疗真菌性皮肤病的时候，需要给边境牧羊犬狗狗身上涂上药膏，为了避免狗狗舔食，最好是给它戴上伊莉莎白圈。另外，铲屎官每天都要让边境牧羊犬有足够的晒阳光时间，阳光中的紫外线对杀死霉菌有很好的作用，但是注意不要暴晒，不要长时间晒。