高山姬鼠体形略大，一般可以长到105.88mm，体重平均39.34g，尾长平均88.48mm，占头体长的83.57%。耳小，平均长15.59mm，向前折达不到眼角。高山姬鼠体背及四肢外侧呈赭褐色而偏赤，其间杂有黑毛并向背中线密集，致色更深暗，但不形成黑线，毛基深灰。眼周毛色鲜淡，大多数个体构成淡色环。高山姬鼠耳壳两面均被短毛，与附近的颜色一致。下体从颏到肛门，包括四肢内侧毛白色而带深灰毛基；体侧未见黑毛参杂故色鲜艳。高山姬鼠足背灰白。尾二色，从黑棕渐转向白色的腹面；尾毛短细而疏，未能遮盖鳞环。有些个体的尾基及四肢内侧背腹交界处有鲜艳橙黄毛区。