饼干龟雌雄出生之后并不会很明显，只有体重达到一定重量后，才可以开始鉴别雌雄，而且越小的饼干龟鉴别起来越不准确，想要知道饼干龟的雌雄，也不能过于着急。饼干龟孵化时的温度决定饼干龟的性别，所以人工繁殖时，可以根据这个特性，去控制饼干龟的性别。一般来说，同年份的成年雌饼干龟体形普遍大于雄饼干龟，多数雄饼干龟腹甲有轻微凹陷，而雌饼干龟则腹甲平坦无凹陷，多数雌饼干龟腹甲前端为平圆形，而多数雄饼干龟会呈V形缺口。还有一种方法是将饼干龟的尾巴拉直，泄殖孔位置超过尾盾边缘，则雄饼干龟的成分居高。此外，雄饼干龟都比较活泼好动，雌饼干龟则较沉稳。