虽然洪都拉斯木纹龟的智力不能与人类相比，但龟类也有大脑两半球，而且其大脑两半球的外侧还有一层大脑皮层。这使得爬行动物具有一定的分析能力，经过训练能辨别环境方向，能记住吃饭的时间。洪都拉斯木纹龟的小脑并不发达，因此我们常常看到洪都拉斯木纹龟行动能力与学习能力都是比较缓慢的。不过洪都拉斯木纹龟是认识主人的。让洪都拉斯木纹龟认识主人认识主人，生活中要多点耐心去照顾它，和它多点互动，亲自用手喂它食物，与它玩耍，常去抚摸它的壳和头部，通过这些日常护理，产生的本能反应。随着饲养的时间增加，洪都拉斯木纹龟认识主人会对自己的主人有信任感。