巨头蛇颈龟可以深水养，但是，在它们不同的生长阶段中，它们对水位的要求是不同的。若是在它们年龄比较小的时候，它们不喜欢太高的水位，用浅水养比较合适，让水位稍微没过它们的背壳就行了，在深水中养殖不利于它们的健康。或者也可以在容器中用沙砾着铺成斜坡，这样可以让它们自由选择。在它们长大一些之后，就可以用深水来养了，巨头蛇颈龟也算是一种深水龟。一般来说，在它们的身体长度长到十几厘米的时候，就都可以用深水来养了。不过，虽说可以用深水养，但水位也不能太高，高于它们的背壳一部分是可以的，但不可超过它们的背壳3倍高度的位置。这是因为巨头蛇颈龟不能一直待在水中，也需要适当让它们出水来晒晒太阳等等，因此若是水太深的话，它们浮到水面就比较麻烦。