食人鱼在自然界的天敌有很多，包括有白鹭，鸬，苍鹭，电鳗，鳄鱼，水獭，淡水海豚，大鲶鱼，以及人类等等。食人鱼同一条河流中生活的巨獭，是所有水獭中体型最大的种类，水獭被称为“水中平头哥”，巨獭又是水獭中最大的水獭，可见它的攻击性有多强，巨獭也被认为是南美洲顶级食肉动物之一，水獭以鱼为食，在它眼里食人鱼再凶猛，都是一条鱼，都在它的食谱上。而对于食人鲳来说最不愿意见到的就是电鳗了，因为不仅吃不掉电鳗还容易反过来被电鳗吃掉。电鳗顾名思义是会放电的，电鳗在遭遇食人鲳的时候回释放高强度的电流，这可以一次将30几条食人鲳电晕，这样被电晕的食人鲳也就成为了电鳗的美食了。