百花锦蛇已被列入中国国家林业局2000年8月1日发布的《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》。百花锦蛇产地较窄，集中于广西西南部，按历年来收购的数字和野外工作遇见机会估计，50年代可达60万条，已下降到5万条。由于人为因素，百花锦蛇的天敌猛禽和一些兽类近年来数量迅速下降，对百花锦蛇的威胁已不大，主要是人的滥捕杀害。其次是人口增加，扩大居住地，开荒造田，也破坏百花锦蛇的生境。