短尾蝮蛇的主要特征是头部呈三角形，有颊窝，体形较小，尾较短细。短尾蝮蛇背面呈浅褐色到红褐色，有两行深棕色圆斑，左右交错或并列，圆斑中央色浅，外侧常开放呈马啼形。短尾蝮蛇尾后段呈黄白色，但尾尖常为黑色。短尾蝮蛇的吻棱明显，鼻间鳞外侧尖细向后弯。短尾蝮蛇有颊窝，有管牙。短尾蝮蛇背鳞外侧及腹面鳞间有一行黑褐色不规侧粗点，呈星状。短尾蝮蛇腹面呈灰白色，且有棕褐色或黑褐色细点。